چند بیگانه‌ی فضایی با طرح نقشه‌ای می‌کوشند تا کره زمین را تسخیر کنند. آن‌ها دو هیولا با نام های "شاه گیدورا" و "گیگان" را به کار می‌گیرند که از یک مرکز مخفی روی زمین کنترل می‌شوند. حال نوبت آن رسیده تا گودزیلا با کمک دوستش "آنزیلا" برای مقابله با آن ها وارد نبردی خطرناک شود...
در پی آلودگی سطح زمین هیولایی جدید به وجود می‌آید به نام "هدورا" ! این جانور غول پیکر توانایی تشکیل مه های سمی و بزرگ را دارد، و با همین قابلیت قصد تخریب ژاپن و نابودی گودزیلا را دارد...
یک شهر زیردریایی موجودی غظیم الجثه را برای نابودی جهان بالای خود اعزام می کند. گودزیلا و یک ربات عجیب مامور می شوند در مقابل این موجود از انسانها دفاع کنند...
