آینده دور، 5012. حمله هوایی ناگهانی به زمین توسط <بیگانگان > و ساخته های آنها <شکل های حیات ماشینی بشریت را به مرز انقراض کشاند. تعداد بازماندهای از انسانهایی که برای سازماندهی یک ضدحمله با استفاده از سربازان اندرویدی برای بازپس گیری زمین به ماه پناه بردند. با این حال، جنگ به بنبست میرسد، زیرا «شکلهای حیات ماشینی» به بینهایت تکثیر ادامه میدهند. به نوبه خود، بشریت واحد جدیدی از سربازان اندرویدی را به عنوان سلاح نهایی به کار می گیرد: <YoRHa> که به تازگی به زمین اعزام شده است <2B> به 9S> می پیوندد، تحلیلگری که در حال حاضر در آنجا مستقر است، جایی که در میان ماموریت خود، آنها با تعداد بی شماری از پدیده های مرموز روبرو می شوند. این داستان این اندرویدهای بی جان و مبارزه بی پایان آنها به خاطر بشریت است.
داستان در دنیای پسا آخرالزمانی غوطه ور در آب و دارای یک خورشید بزرگ شده به دلیل تغییرات آب و هوایی است. در اینجا، انسانها و اندرویدها توسط واحدهای موسیقی که برای رسیدن به بالای برج سرگرمی، بابل، رقابت میکنند، سرگرم میشوند.