یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...
تاجری حریص ماشینهای غول پیکری برای خالی کردن بخشی از اقیانوس برای ساخت آپارتمانهای لوکس مستقر می کند. پس از یک طوفان، تخمی عظیم الجثه به ساحل آمده و به سرعت در معرض دید عموم قرار می گیرد. اما وقتی تاجر گودزیلا را بیدار می کند، هیولا بار دیگر به توکیو حمله می کند...
بیگانگان فضایی میمون مانند برای از بین بردن ژاپن گودزیلای مکانیکی را ساخته و کنترل می کنند و در این بین گودزیلای واقعی به نبرد با آن میرود …
