در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.
داستان از این قرار است که "لایت یاگامی"، مرد جوانی که از جرم و بزهکاری بیزار است، تصادفاً دفتری پیدا میکند که رویش نوشتهشده "دفتر مرگ" (Death Note). در صفحهٔ اول دفتر توضیح دادهشده که اگر نام شخصی در دفتر نوشته شود و نویسنده در همانحال چهره شخص را در ذهنش مجسم کند، آن شخص پس از ۴۰ ثانیه خواهد مُرد. "لایت" در صدد استفاده از دفتر بر میآید…
هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...
R. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشه اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و...
گاتس جنگجویی جوان به گروهی مزدور ملقب به دسته شاهین به رهبری جوان جاه طلبی به نام گریفیس ملحق می گردد.گاتس که گریفیس را دوست خود میداند به او برای رسیدن به جاه طلبی هایش کمک می کند. ولی جاه طلبی گریفیس به سمت اعمال پلید سوق می دهد…
داستان انیمه بر میگردد به زندگی شینجی ایزومی نوجوان ۱۷ ساله ای که به ناگاه در میابد دست چپ و راستش از حالت عادی خارج شده و تبدیل به وسیله ای ترسناک شده است و در ادامه خود را درگیر مبارزه عواملی ترسناک می بیند…