ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.
در آینده ای نه چندان دور، سال 2030، خط میان زندگی دنیای مادی و دیجیتالی به هاله ای محو بدل شده است. حد و مرز تکنولوژی و انسانیت به گونه ای مافوق تصور فرا رفته و زندگی در دنیای الکترونیک همچون دنیای مادی در جریان است. با در هم آمیختگی انسان و ماشین گونه ی تازه ای از حیات سر بر آورده - گونه ای که به زودی انسانیت را برای همیشه دگرگون خواهد کرد...
"گل دی.راجر" دزد دریایی قدرتمندی بود که صاحب ثروت و شهرت فراوانی بود. وقتی او دستگیر شد و در آستانه ی اعدام قرار داشت فاش کرد که گنج بزرگ او که "وان پیس" نام داشت جائی در "گرند لاین" مخفی شده است. 22 سال بعد از مرگ "راجر" پسری به نام "مونکی دی.لوفی" تصمیم گرفت تا یک دزد دریایی بشود و به دنبال گنج "راجر" برود تا پادشاه دزدان دریایی شود.
چگونه این پسر جوان به دزد جنتلمن معروف «لوپین سوم» تبدیل شد؟ لوپین زیرو که بر اساس لوپین جوان III از مانگای اصلی ساخته شده است، داستانی نوستالژیک و در عین حال کاملاً جدید را روایت میکند و در نهایت حجابی را که بر آغاز فروتنانه لوپین III وجود داشت، از بین میبرد. این انیمه در دورانی اتفاق میافتد که در آن سری اصلی برای اولین بار منتشر شد، لوپین سوم جوان را در حال دویدن در خیابانهای دهه 1960 ژاپن در دوران شکوفایی اقتصادی این کشور به تصویر میکشد. پسر جوانی از پله ها بالا می رود و به سمت شرارت می رود. چه فکری می کرد و چه قدم هایی برداشت؟ این داستان ناگفته پیدایش بزرگترین دزد جهان است.