یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
پس از ظهور یک گودزیلای جدید، دولت ژاپن با استفاده از استخوان بندی گودزیلای اصلی یک گودزیلای رباتیک می سازد تا...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
کشورهای متحد سلاحی نهایی را برای مقابله با گودزیلا می سازند، در همین حین دانشمندان تخمی عظیم الجثه در یکی از جزایر ژاپن پیدا می کنند و...
مسافران زمان سعی می‌کنند تا با استفاده از گودزیلا ژاپن را با خاک یکسان کنند تا بتوانند از آینده‌ی سیاه اقتصادی که قرار است برای این کشور به وجود آید، جلوگیری کنند اما...
ماجرای این فیلم درباره‌ی گروهی از تبهکاران آمریکایی است که می خواهند به سلول‌های گودزیلا دست یابند. آن ها موفق می شوند سلول را از یک دانشمند ژاپنی بدزدند، اما ناخواسته باعث کشته شدن دختری وی نیز می شوند. دانشمند برای گرفتن انتقام سلول های گودزیلا و یک گیاه را با هم ترکیب کرده و هیولایی به نام "بیولانته" را خلق می کند...
