داستان این مجموعهٔ تلویزیونی در مورد دو برادر است که یکی از آنها به جرم قتلی که انجام نداده به اعدام محکوم شده و برادرش خود را به زندان میاندازد تا با استفاده از نقشهای که قبلا طراحی کرده او را از زندان فراری دهد...
ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.