انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
چگونه این پسر جوان به دزد جنتلمن معروف «لوپین سوم» تبدیل شد؟ لوپین زیرو که بر اساس لوپین جوان III از مانگای اصلی ساخته شده است، داستانی نوستالژیک و در عین حال کاملاً جدید را روایت می‌کند و در نهایت حجابی را که بر آغاز فروتنانه لوپین III وجود داشت، از بین می‌برد. این انیمه در دورانی اتفاق می‌افتد که در آن سری اصلی برای اولین بار منتشر شد، لوپین سوم جوان را در حال دویدن در خیابان‌های دهه 1960 ژاپن در دوران شکوفایی اقتصادی این کشور به تصویر می‌کشد. پسر جوانی از پله ها بالا می رود و به سمت شرارت می رود. چه فکری می کرد و چه قدم هایی برداشت؟ این داستان ناگفته پیدایش بزرگترین دزد جهان است.
