ماری سونادا و دیگران با بازگشت ماساتو کوساکا و تاکومی اینویی که به اسمارت‌برین پیوسته است، غافلگیر می‌شوند. اسمارت‌برین اکنون به شرکتی تبدیل شده که قصد دارد اورفنوچ‌ها را نابود کند. ماساتو برای محافظت از اورفنوچ‌ها با اسمارت‌برین می‌جنگد و تاکومی رهبری اسمارت‌برین را بر عهده دارد. ماری و دیگران گیج و متعجب هستند که چرا تاکومی به اسمارت‌برین پیوسته است. این دیدار مجدد آشفته، آغازگر داستانی جدید در مورد اورفنوچ‌ها و بشریت است.
پرستاری به نام یوکو (کاگو) در حین نگهداری از دختری به نام فوکی تجربه عجیبی را می بیندد. نتایج آزمایش یک کیست را در بدن فوکی نشان می‌دهد، اما ان در واقع همان کینه‌ای باقی‌مانده از نوزادی است که قادر به به دنیا آمدن نبود...
