این فیلم اقتباسی از فیلمی به همین نام ساخته هیدئو ناکاتا است که داستان آن مربوط به زمانی است که شخصیت اصلی این سری از فیلمها هنوز زنده است و اتفاقاتی را بازگو می‌کند که منجر به کشته شدنش توسط پدرش می‌شود...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
