این فیلم اقتباسی از فیلمی به همین نام ساخته هیدئو ناکاتا است که داستان آن مربوط به زمانی است که شخصیت اصلی این سری از فیلمها هنوز زنده است و اتفاقاتی را بازگو می‌کند که منجر به کشته شدنش توسط پدرش می‌شود...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
به دنبال جنگ جهانی دوم، یک پروفسور بازنشسته که به روزهای انتهایی زندگی خود نزدیک می شود زندگی خود را در توکیوی جنگ زده دچار تغییر می بیند. او که ناامیدی اش را انکار می کند به نویسندگی روی آورده و تولدش را به همراه دانشجویانش جشن می گیرد...
