در 50 امین سالگرد گودزیلا، او به سفری دور دنیا می رود تا دشمنان قدیمی اش را جمع کند و به جنگ با دشمنی به نام "هیولای ناشناخته" بروند...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
