در 50 امین سالگرد گودزیلا، او به سفری دور دنیا می رود تا دشمنان قدیمی اش را جمع کند و به جنگ با دشمنی به نام "هیولای ناشناخته" بروند...
یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
پس از ظهور یک گودزیلای جدید، دولت ژاپن با استفاده از استخوان بندی گودزیلای اصلی یک گودزیلای رباتیک می سازد تا...
این بار گودزیلا به قصد ایجاد رعب و وحشت به ژاپن باز می‌گردد. اما غافل از اینکه ژاپنی ها برای دفاع از خود دو سلاح طراحی کرده اند. یکی جانوری که متشکل از دو نیمه شیر و وال می باشد و دیگری یک کشتی با تکنولوژی بالا می باشد...
این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...
