دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...
هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضاييها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآوردهاند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از ساموراييهاي شکستخورده را با تصميم سختي روبهرو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آيندهشان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، ميپذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازهي کافي باشد. اما ...