ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضاييها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآوردهاند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از ساموراييهاي شکستخورده را با تصميم سختي روبهرو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آيندهشان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، ميپذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازهي کافي باشد. اما ...
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
«دیگه فقط واسه خودم زندگی میکنم!» تنها چیزی که قویترین قاتل جهان تو زندگیش میدونست، اجرای دستورات بالادستیهاش بود— تا اینکه اونا تصمیم به کشتنش گرفتن. او با افسون یک الهه به زندگی برگشت، به دنیایی مملو از شمشیر و جادو. به او فرصتی اعطا شد تا اینبار زندگیاش را تغیر دهد. اما به همین سادگی هم نیست... او باید یک ابر قهرمان را که قصد نابودی جهان را دارد شکست دهد. بزرگترین قاتل ما که حالا با اسم «لوف تواتا دِ» شناخته میشد، سر قاتل ما بسیار شلوغ بود مخصوصا به دلیل تمام دخترانی که او را احاطه کرده بودند. شاید لوف قاتلی بینظیر بوده، اما چگونه از پس حریفانی با قدرتهای جادویی بر خواهد آمد؟