داستان انیمه به صدها سال قبل باز میگردد. جایی که انسانها بدست تایتانها کشته میشدند اما عده اندکی از آنها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتانها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال میگذرد تا اینکه...
یک نفر به سیستم لاجیکوماس نفوذ می کند و باتو از مامور سابق ارتش کمک می گیرد تا به این مشکل رسیدگی کند...
با زیرنویس چسبیده
کنجی کویسو دانش آموز نابغه ریاضی،کاری را برای تابستان خود در شهر زادگاه عشقش ناتوسکی می پذیرد.پس از رسیدن،او متوجه می شود که خانواده اش برای جشن گرفتن تولد نود سالگی مادربزرگ خانواده دور هم جمع شده اند.او باید تظاهر کند نامزد ناتوسکی است در حالیکه بر روی یک معادله ریاضی کار می کند و...
دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
یکی از خانوداه های اشراف زاده انگلیس، فانتوم هایو، سرپیشخدمتی به نام سباستین مایکلز دارند. او بدون شک دارای دانش کامل، رفتارهای بی نقص و استعداد هنرهای جسمانی است. اما بنا به دلایلی، وی به عنوان استادی ۱۲ ساله انجام وظیفه می کند.
در مدرسه سلاحهای پیشرفته "شینیگامی"، انسانها به عنوان استاد درس می خوانند. هر استاد همکار مخصوص به خود را دارد که می تواند به شکل یک اسلحه در بیاید. داستان درباره سه نفر از این اساتید به همراه سلاحهایشان است...
ژاپن، سال 2077. یک مامور مونث با نام "وکسیل" به توکیو اعزام می شود تا درباره گسترش تکنولوژی رباتیک توسط ژاپنیها که به وسیله سازمان ملل ممنوع اعلام شده تحقیق کند...
داستان در شهر توکیو اتفاق می افتد، ده سال پیش در این شهربزرگ صنعتی دیواری به نام دروازه شیطان ظاهر می شود، دروازه ای که دارای هیچ دری نیست و بسیاری از مردم کشته می شوند و تغییرات زیادی به وجود می آید و همین موضوع باعث می شود انسان های فرابشری به نام Contractors (پیمانکارها) به وجود بیایند، آنها هیچ رحمی ندارند و کار آنها ترور و کشتن می باشد و...
در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.
ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.